Nacido en la provincia cubana de Pinar del Río en 1919, comenzó tocando la flauta tradicional en la orquesta de su padre. Trabajó luego como policía en La Habana y en 1940 entró como músico en la orquesta Arcano y sus maravillas. Pronto formó su propio grupo, Fajardo y sus estrellas, tocando música tradicional cubana con violines, flautas y percusión. A finales de los cincuenta llegó a dirigir tres orquestas a la vez, lo que le obligaba a viajar en helicóptero de una ciudad cubana a otra para poder atender sus compromisos.

En 1961, dos años después del triunfo de la revolución cubana, durante una gira por Japón, decidió no volver a la isla y desde entonces vivió en Miami, Nueva York y Puerto Rico. En los años sesenta fue uno de los impulsores de la pachanga cubana y la música salsa, dirigiendo dos orquestas, junto a músicos como el violinista Alfredo de la Fe o el pianista Sonny Bravo. Grabó muchos discos y fundó, junto al dominicano Johnny Pacheco, la firma Fania Records. En los setenta grabó varios álbumes de recopilación de música salsa. El pasado junio reapareció en Miami como flautista del grupo Maestros Cubanos y grabó el disco Los Originales, con el que ponía el broche a 60 años de intensa vida musical.